Утомленные тяжкой борьбой с Патриархом Никоном, царь и епископы на место Никона, низложенного Собором 1667 года, немедля избрали и определили к поставлению лицо, не возбуждавшее никаких споров в силу своей глубокой старости и незаметности. То был архимандрит Троице-Сергиевого монастыря Иоасаф II. Он не грозил вторжением в дела государственные. Он просто участвовал в заведенном порядке дел.

Хотя осуждены были своенравные поступки бывшего Патриарха, и уничтожено громкое имя его монастыря Иерусалимского, и отобраны приписанные к нему вотчины, но вера Никона признана чистою, исправление книг правильным и сходным с духом Православной Церкви. Опровергнуты также суетные толки монаха Капитона, попов Лазаря, Аввакума и Никиты о сложении перстном и изображении креста, о имени Иисусовом, символе и сугубом аллилуия, и все их возражения на книгу, изданную при Патриархе Никоне, под именем “Скрижали”; новая книга, их обличавшая, “Жезл правления”, послужила к временному обращению Никиты, который признал свое заблуждение и разрешился от Соборной анафемы, постигшей прочих. Самые деяния Собора Стоглавого, бывшего основанием суемудрых толков, уничтожены решением Патриаршего Московского Собора, который имел почти достоинство Вселенского; потому что на нем присутствовали представители Церкви Греческой вместе с Российскими; так и в древние века меньшие Поместные Соборы всегда исправлялись большими Вселенскими. Сверх того определены были многие статьи, касавшиеся до внутреннего и наружного устройства церковного, и отмечены неправильно вкравшиеся обычаи, как-то: перекрещивание приходящих к нам из латинской Церкви, и запрещение священнослужения вдовым священникам, и некоторые несвойственные привилегии, данные архимандритам великих обителей.

Чин служения архиерейского, принесенный Никону блаженным Афанасием Пателарием, Патриархом Константинопольским, был также сличен на Соборе с древними подлинниками греческими, как все уставы и требники, и признан единогласно подлинным. В то же время, соображаясь с нуждами расширяющегося царства, рассудил Собор возвысить некоторые епархии на степень митрополий, как-то: Астраханскую, Тобольскую и Рязанскую, и устроить новую Белгородскую для вновь населенных слобод украинских; восстановить праздные епархии, Нижегородскую н Владимирскую, отделить по-прежнему Пермскую от Вятской, учредив особую также в Архангельске. Древние города Чернигов, Псков и Коломна почтены архиепископиями, а митрополиты Новгорода, Казани, Ростова и Рязани облегчены викариями, назначенными в Каргополе и Устюжне, в Уфе, Угличе, Тамбове и Воронеже. Предположено также открыть новые епископии в Томске и на Лене, ради дальних расстояний от митрополии Тобольской. Столь важные учреждения церковные остались навсегда памятниками сего Собора, на коем в последний раз Церковь Греческая личным присутствием своих высших сановников оказала благодетельное участие Церкви Российской, искони почерпавшей от нее просвещение духовное.

С окончанием Собора удалился Александрийский Патриарх Паисий, Макарий же Антиохийский — на следующий год; оба с богатою милостынею, честью и дарами. Но хотя обратился один из лжеучителей, поп Никита, а другой, Павел, бывший епископ Коломенский, Соборным определением заточен в монастырь Палеостровский, однако же продолжали действовать прочие, тщетно наказываемые или ссылаемые в Сибирь. Суетные определения Стоглава служили им опорою в мнении народном, вместе с старопечатными книгами Патриархов и вкравшимся не более как за сто лет обычаем неправильного перстосложения; а между тем не всякий мог распознать истину исправлений Соборных.

Печальный пример заблуждения явила древняя лавра Соловецкая, которая еще недавно во время военных действий не пожалела пятидесяти тысяч серебряных рублей в пособие государству и отразила новые набеги шведов. Сие самое воинское ее положение послужило виною и средством мятежа. Стрельцы и казаки, посланные для защиты острова, занесли туда плевелы раскола и, соединясь с некоторыми из монашествующих и ссыльных, преодолели благонадежную часть братии. Долго таилась искра, доколе наконец полыхнула. Вскоре после Собора Московского обнаружился раскол непокорностью келаря и казначея с братиею против архимандрита Варфоломея. Они написали челобитную к царю, исполненную суетных мудрований, которая и доныне в великом уважении у заблуждающихся, и не приняли к себе нового архимандрита Иосифа. Однако же мятежный келарь Савватий был выведен из лавры вместе с ссыльным князем Львовым, который, будучи начальником печатного двора, благоприятствовал порче служебных книг и заразил собою обитель; но увещательные грамоты царя остались тщетными, слабым показался отряд воинский против тысячи мятежников, засевших в лавре с пушками, припасами и казною. А между тем лжеучители их расходились по всему окрестному поморью, распространяя ересь и безначалие в пределах олонецких, где устроились многочисленные скиты так называемых поморян. Не ранее как чрез десять лет воевода царский Мещеринов с дружиною стрельцов после долгой осады взял приступом лавру и возвратил ее Православию, когда зло уже пустило глубокие корни в окрестностях и даже в далекой Сибири.

Не более успешны были и гражданские обстоятельства сей второй эпохи царствования Алексея Михайловича. Подаяния монастырей, подобных Троицкому и Соловецкому, не могли покрывать чрезвычайных расходов разорительной войны польской; произошла перемена в монете, и медные деньги возбудили сперва ропот народный, а потом мятеж, напомнивший первые бунты стрелецкие. Война шведская, столь бесполезная для России, окончилась уступкою обратно всех областей, завоеванных оружием нашим в течение шести лет, но польская продолжалась с обоюдными успехами и неудачами. Самая Малороссия временно отпала от державы Московской изменою гетмана Витовского, избранного вопреки законных прав сына Хмельницкого Юрия. Мечтая о совершенной независимости Украины, пленился он ложными обещаниями Польши о свободе гражданской и духовной и обагрил кровью благословенную страну, присоединение коей не стоило ни единой капли. Поляки и хищные крымцы воспользовались ее неустройством, чтобы грабить под видом союзников то Витовского, то Юрия. Сам Юрий явился за булавою отца своего, был признан Россиею, изменил и кончил иночеством во цвете лет странное и бурное свое поприще, передав гетманство Запорожское Тетере, Опаре и потом Дорошенке. Старшие воеводы царские Трубецкой, Ромодановский, Шереметев теряли сражения от несогласий местнических посреди междоусобия обеих Украйн. Но если изменяли казаки заднепровские, то поселившиеся на русской стороне твердо держались царя Московского под предводительством храброго атамана Самки и нового гетмана сей части Украйны Брюховецкого.

В столь же печальном расстройстве находилась по времени кончины Сильвестра Коссова Киевская епархия, страдавшая внутренними раздорами. Митрополит Дионисий Болобан, нареченный из епископов Луцких с согласия царского в Переяславле, не хотел принять посвящения от Патриарха Московского, и потому блюстителем митрополии прислан был в Киев Мефодий, посвященный в епископы Мстиславские; а Дионисий скончался в Корсуне, и на его место духовенство избрало в Чигирине нового митрополита Иосифа Тукальского из епископов Могилевских, по уважению к тем гонениям, какие претерпел он от униатов. Но гетман Заднепровской Украйны, с своей стороны, благоприятствовал Антонию, епископу Винницкому. Явился впоследствии и третий искатель Киевского престола, Иосиф, архиепископ Львовский, надеявшийся на покровительство Польши, который чрез несколько лет по неудовлетворенному честолюбию перешел со всею епархиею в унию.

Бедственно было святительство Иосифа в Чигирине, именем только митрополита; знаменитый воевода Польши Чарнецкий взял его в плен вместе с архимандритом Юрием Хмельницким, и после трехлетнего заточения уже не смел он идти в Киев, но оставался в Вильне до заключения перемирия Андрусского. Смоленск и Чернигов опять достались России, а княжество Литовское Польше; Украина же, разделенная между обеими державами, разбита была на два гетманства. Тогда митрополит обратился к храброму гетману чигиринскому Дорошенке и укрепил его своим присутствием. Перемирие поколебало доверенность духовенства малороссийского: хотя царь Алексей Михайлович объявил себя защитником Православия против унии, требуя прекращения гонений, но самый Киев по условиям договора должен был через два года поступить во владение Польши. А воеводы царские нарушали права и льготы Украины, так что и самый гетман Брюховецкий изменил России пред своею кончиною.

Между тем архимандрит Печерский Иннокентий Гизель тщетно испрашивал Соборною грамотою избрания нового митрополита, ибо два старейших епископа, Лазарь Черниговский и Мефодий Мстиславский, находились в Москве на суде патриаршем, и духовенство украинское принуждено было прибегать иногда к митрополиту Иосифу в Чигирине. Блюститель Мефодий вскоре по возвращении в Киев взят был гетманом Дорошенкою и лишен сана митрополитом Иосифом; он спасся из заточения в Москву, но там, уличенный в преступных сношениях с гетманом Брюховецким, кончил дни в монастыре Новоспасском. Архиепископ Черниговский Лазарь заступил его место в краткое правление гетмана Многогрешного и при мужественном Самойловиче, который соединил наконец обе Украины под свою булаву. Так отчаянно было положение Киева, что гетман и блюститель предлагали перенести митрополию из древней столицы Православия в Переяславль или Чернигов, а митрополит Иосиф, чтобы избавиться от двух соперников, Винницкого и Львовского, испросил себе от Патриарха Константинопольского Мефодия утвердительную грамоту. Он скончался, однако же, в Чигирине, лишившись своего покровителя гетмана Дорошенки, который наконец покорился оружию русскому, когда уже бόльшая часть Заднепровской Украины с Каменец-Подольским находилась во власти призванных им турок, и новый король польский, мужественный Ян Собеский, с помощью гетмана Украины боролся против их полчищ.

Но покровительство короля Яна не доставило по смерти Иосифа митрополии Киевской архиепископу Львовскому, и самая его измена Православию не принесла ему личной выгоды; униаты уже имели в Полоцке собственного митрополита Киприана. Столь же неуспешны были происки другого соперника Антония Винницкого. Лазарь, архиепископ Чернигова, пастырь опытный и добродетельный, продолжал заниматься делами Киевской епархии вместе с ученым архимандритом Печерским Иннокентием Гизелем до избрания нового митрополита.

В то время, когда гетман Дорошенко, домогаясь совершенной независимости от России и Польши, еще держался в Чигирине с митрополитом Иосифом, и все усилия царя обращены были на Украину, — явился другой возмутитель казаков, совсем иного духа и характера, Стенька Разин. Собрав шайку удальцов, он свирепствовал с нею по Волге, Уралу и берегам Каспийского моря, взял Саратов, Астрахань и умертвил там воеводу и митрополита Иосифа. Число приверженцев его возросло при ложной вести, им рассеянной, будто бы царевич Алексей, недавно умерший, жив и находится в его стане вместе с Патриархом Никоном, избавленным им из заточения. Неудачная осада Симбирска поколебала счастье Разина; атаман Донских войск довершил начатое воеводами царскими, схватил самого мятежника и представил на казнь в Москву.

Это было последнее сильное потрясение державы Алексея Михайловича; в остальные годы его правления дела внешние и внутренние начинали мало-помалу приходить в устройство. Кроме походов украинских против Дорошенки и набегов крымских, царь находился в мире с прочими соседями и отправлял посольства свои во все европейские государства, даже в Китай, для распределения восточных, непрестанно расширявшихся, пределов наших. Мирна была Швеция; Польша, враждебная столько лет, ослабела в царствование Яна Казимира, который испытал более бедствий, нежели кто-либо из его предместников; последний из дома Вазы, оставляя добровольно корону, он предвидел будущее разделение своей державы между Россией, Австрией и Пруссией. Преемник его, Михаил Вишневецкий, уже искал союза с Москвой, уступив ей навсегда Киев, а перемирие Андрусовское обратилось в мир при славном победителе турок короле Яне Собеском, который избран был после Михаила, хотя в числе искателей престола польского находился царевич Феодор Алексеевич. Но Феодору готовился другой, более прочный престол — Московский — и славный преемник в новорожденном брате: царь Алексей Михайлович по кончине первой супруги Марии сочетался браком с воспитанницею боярина Матвеева Наталиею, из рода Нарышкиных, и благословенным плодом сего брака был великий Петр.